Stöðugt er fylgst með svifryki og útblástursmengun í Hvalfjarðargöngum með sjálfvirkum búnaði sem er hluti af öryggis- og eftirlitskerfi ganganna, að því er fram kemur á heimasíðu Spalar. Þar segir einnig að vaktmenn í gjaldskýli hafi augu á mengunarmælum og geti gripið til úrræða ef nauðsyn krefur. Til slíks hefur þó aldrei komið frá því göngin voru opnuð fyrir áratug. Aðeins einu sinni hefur komið fyrir að allir 32 blásarar ganganna dugðu ekki til að hreinsa göngin, um verslunarmannahelgina árið 1998. Þá var göngunum lokað meðan blásararnir blésu út menguðu lofti og drógu ferskt inn í staðinn. Vegfarendum í göngunum er bent á að hafa þá reglu að slökkva á miðstöð og hafa glugga lokaða á meðan ekið er undir Hvalfjörð.